Seminarium Duchowne Narodowego Kościoła Katolickiego to szczególne miejsce, w którym każdy pragnący służyć Bogu i ludziom buduje swoją relację z Chrystusem, z Kościołem i drugim człowiekiem. Okres formacji jest czasem dojrzewania do pełni człowieczeństwa oraz zdobywania niezbędnej wiedzy, wszystko to motywuje cel najważniejszy – Chrystus.
Kościół uznaje seminarium za podstawowe i niezbędne środowisko formacji kandydatów do kapłaństwa. Formacja seminaryjna obejmuje wymiary: ludzki, duchowy, intelektualny i pastoralny. Jej zasadniczym celem jest całkowite związanie z Jezusem Chrystusem.
Bezpośrednio odpowiedzialnymi za formację w Seminarium są w imieniu Kościoła – Rektor i wspólnota moderatorów. Zakres studiów teologii dla kandydatów do kapłaństwa obejmuje podstawowe dyscypliny filozoficzne i teologiczne oraz przygotowanie pedagogiczno-katechetyczne i pastoralne. Do głównych przedmiotów należą: nauki biblijne, teologia dogmatyczna, teologia moralna, pastoralna, liturgika, katechetyka, nauka społeczna Kościoła, historia Kościoła, historia filozofii, filozofia systematyczna, antropologia, etyka, psychologia, pedagogika, homiletyka, katechetyka. Ze studiami związana jest również praktyka pastoralna i katechetyczna w parafii.
Najważniejszym celem formacji seminaryjnej jest, aby prowadziła do wewnętrznego ukształtowania alumna seminarium do wzoru Dobrego Pasterza. W formacji seminaryjnej kandydatów do kapłańska w tym w sposób szczególny kandydatów będących członkami zgromadzeń zakonnych w sposób szczególny jest praca łącząca formację zakonną i seminaryjną.
Formacja zakonna odbywa się w kilku etapach. Jest to czas przede wszystkim odkrywania i pogłębiania swojej relacji z Bogiem, następnie poprzez formację seminaryjną czas studiowania, praktyki asystenckiej, ale również kształtowania własnego charakteru, poznawania Pana Boga i pogłębiania relacji z Nim.